巨野县中医医院儿二科是我院优势学科之一，对早产儿、新生儿缺氧缺血性脑病、颅内出血、黄疸、败血症、重症脑炎、癫痫、支气管肺炎、支原体肺炎、哮喘，小儿肠炎并脱水酸中毒，心肌炎、心力衰竭、血小板减少性紫癜、各种贫血、肾炎、肾病综合征、川崎病、过敏性紫癜、多动症的治疗方面有丰富的临床经验，对小儿各系统疾病，尤其是对急危重症、疑难病的诊治方面有自己独特、规范、科学的诊疗方案。善用中医中药治疗肺炎咳嗽、肠炎、过敏性紫癜、厌食症、儿童发热性疾病等。
科室现有副主任医师3名，主治医师4名，数名医师先后到山东省中医医院、齐鲁儿童医院进修深造，并与济宁附属医院建立了业务协作关系，年门诊量15000余人次，年住院病人2000余人次。科室仪器设备齐全，拥有婴儿暖箱、蓝光治疗仪、输液泵、中医定向透药治疗仪，快速血糖仪，便携式小儿血氧饱和度监测仪，医用压缩式雾化器，经皮黄疸测量仪，电动吸痰仪，振动排痰仪，监护仪等。
近年来，儿二科成立了具有中医特色的综合治疗室，突出中医特色，开展了中药灌肠，穴位贴敷，小儿推拿，耳咽中药吹粉治疗，艾灸，并开展了伏九贴敷疗法。
